司馬曜的一生可謂傳奇，首先是他的出生。司馬曜的父親司馬昱四十歲的時候還沒有立下合適的繼承人，他又看不上已經出生的兒子們，便整日想方設法地生兒子。

后來是找了一個相士來給自己的妃子們看相，最后選中了司馬曜的生母李陵容。李陵容不是一個美女，還長得黑黢黢的，但司馬昱為了生兒子也管不上那么多了，就召其侍寢。

果然，李陵容如相士所言懷孕了。李陵容懷孕的時候常夢見雙龍枕在她的腿上，就像她的孩子一樣，后來，李陵容就生下了司馬曜。

司馬曜出生的前夕，李陵容又夢到有個神仙來跟她說：如果你生下了男孩，你就要以昌明作為他的字。

司馬曜出生的時候恰好是東方剛白之際，就以昌明為字。

他的父親司馬昱曾看見一句讖言：晉祚盡昌明，沒想到這昌明竟然是自己的兒子，不僅悲從中來，痛哭流涕。

司馬曜即位的時候是十一歲，沒有理政的能力，況且朝中還有一個權臣桓溫，司馬曜就是一個傀儡皇帝。

司馬昱死前留下了一道給桓溫的詔書，內容是：若是司馬曜當不好這個皇帝，你可取而代之。估計是司馬昱也怕那句讖言應驗，晉朝毀在司馬曜的手中。

但是這道詔書卻被王坦之給撕了，本來桓溫就在朝中就如日中天了，你再留下這么一道詔書，我們王氏還活不活了，其他氏族不是要完蛋了。所以司馬昱被迫把詔書改為命桓溫攝政。

桓溫確實不滿足于攝政的地位，明明再往前走一步，他就可以登上帝位了。但是還沒來得及行動，以王、謝為頭的其他氏族聯手粉碎了桓溫想要篡位的陰謀，司馬曜才能在皇位上穩當當地坐著。

司馬曜在政期間做得最出色的一件事情就是在謝安的輔佐下打贏了淝水之戰。

383年8月，前秦天王苻堅下詔大舉進攻東晉，傾全國之力，率軍90萬，浩浩蕩蕩地向晉國進發。

而東晉抗敵的兵力總共才八萬，苻堅知曉之后，滿是鄙視，狂傲地說：以吾之眾旅，投鞭于江，足斷其流。意氣風發的苻堅肯定沒想到最后的結局是自己敗了，倉皇而逃。

他本就對晉國有輕視之意，而且他所謂的九十萬大軍有些是被強征入伍的，軍心不齊，最大的問題還是他竟派俘虜的晉國將領朱序去勸降晉國。

沒想到朱序把秦國的部署統統告訴了晉國，這仗自然贏不了。在淝水的時候，謝玄用計使得秦軍后退，沒想到秦軍一后退，晉軍就打上來了。

秦軍還以為自家輸了，丟盔棄甲，四散而逃。這時，朱序作為晉國的臥底，充分地發揮了自己的作用，大喊：秦軍敗了，秦軍敗了，趕快逃！秦國在后方的軍隊一聽，跑的更快了。

淝水之戰勝了，最大的功臣當然是謝安。但是司馬曜并沒有給謝安封賞，場面一度很尷尬。因為司馬曜已經不滿足于當一個無作為的傀儡皇帝了，逼得謝安給出了手中大權。

司馬曜實現了親政，但是卻不勤勉，整日沉溺酒色，最終害了自己。他有個寵妃張貴人，有次同張貴人在后宮中飲酒作樂，酒酣興濃，司馬曜就喝高了。

喝高了就對張貴人說：你年老色衰，又沒給我生下個一子半女的，白白占了一個貴人的位子。明天我就把你廢了，另外找一個美貌的女子好好寵愛一番。

酒后吐真言，張貴人一聽，怒火中燒，看著司馬曜醉醺醺的樣子，就起了殺心。捏司馬曜，竟然敢這么對我，還說明天要廢了我，我這就讓你見不到明天的太陽。

張貴人就把其他宮人給遣下去，又召來心腹宮女，趁著司馬曜酣睡之際，用被子捂死了司馬曜。