李三才是明朝中后期大臣，家族世代繼承軍官職位，祖籍陜西臨潼，后落籍順天府通州，此后在這里長大。

萬歷二年，李三才高中進士，初授戶部主事，不久升戶部郎中。初生牛犢不怕虎，剛剛進入官場的李三才和其他人一樣，都期望能大顯身手，一展抱負。

萬歷十一年，閣臣張四維和申時行的兒子在科舉考試中都中第，遭到御史魏允貞的彈劾。魏允貞以不當以甲第私其子，蹈故相張居正覆轍為由彈劾申時行和張四維，不了受到明神宗的指責，并且將他外放。

李三才當時憤于魏允貞得到這樣的對待，于是站出來維護魏允貞，也遭到明神宗斥責，貶為山東東昌推官。雖然官職是下降了，但是李三才此舉卻引得朝中許多官員的欽佩，此后名聲大振。

在東昌任職期間，雷厲風行，受到百姓愛戴。后來不久，升任南京禮部郎中，當時魏允貞和鄒元標等人也在南京當職，三人成為知己。此后的幾年時間里，李三才仕途有升有降，任過山東僉事、河南參議，進為副使，先后兩次管理山東、山西學政，最后被提拔為南京通政司參議，召任大理寺少卿。

萬歷二十七年，以以右僉都御史總督漕運。當時明朝政治混亂，朝野上下水生火熱的大勢已經形成。播州、朝鮮戰火不斷，對內明神宗不理政事，沉迷享樂。不僅僅是大地主大官僚對百姓剝削嚴重，就連明神宗本身也派出大量的礦監稅使，搜刮民脂民膏。

李三才任職之時，無法阻止此事的發生。對下與這些礦監稅使虛與委蛇，鎮壓農民反抗運動，對上呈上奏疏勸誡皇帝。不過這些奏疏，最終都被明神宗以老辦法留中，而不了了之。

李三才在萬歷年間曾經多次針對礦監稅使問題，與明神宗對上，但是都未曾得到滿意的結果。后來他有上書彈劾內閣首輔沈一貫，反而使得自己陷入兩難的境界。

明神宗和沈一貫不止一次的想找借口，將李三才給處置了。但是李三才交際能力出眾，與人交好，朝中官員不少都與李三才是莫逆，感情深厚。李三才每每遇到被明神宗問罪的時候，都有人站出來力挺，所以一直沒有被問罪罷職。

天啟元年，努爾哈赤帶兵侵犯，攻占遼陽，國家陷入危難之際。當時天啟帝下令，選取有才之人。御史房可壯連疏請用三才，皇帝于是命詔廷臣集議。

李三才當時為外官，并不是言官，因此這個想法一出，就遭到了不少人的反對。通政參議吳殿邦力言不可用，同時彈劾李三才。御史劉廷宣又站出來，大力推薦李三才，說：國家既惜其才，則用之耳，又何議，然廣寧已有王化貞，不若用之山海。于是明神宗就想任用李三才了。

然而這個時候，又有一大批人站出來，說絕不可用李三才。可用不可用，一時間僵持不下，這事兒最后拿不出一個章程來，就只能作罷。

天啟三年，李三才被起用為南京戶部尚書。但最后未能到任，因為他在前往任職的路上去世。

天啟年間，以魏忠賢為首的閹黨掌控朝政，與東林黨人對上。

閹黨之中的御史十三追劾，于是李三才被削籍多封誥。一直等到崇禎帝上位，鏟除了以魏忠賢為首的閹黨之后，李三才才恢復。