查氏為海寧世家望族。穆旦祖父查美蔭曾任易州知州和直隸州知州，天津和河間等府鹽浦同知等職。

1935年高中畢業(yè)后，穆旦被3所大學錄取，他最終選擇了清華大學外文系。在大半年時間里，穆旦隨著學校從北京到長沙，又從長沙到昆明，其間經(jīng)歷了數(shù)千里難以想象的長途跋涉。

抗戰(zhàn)時，清華南遷。學校從長沙遷往昆明的時候，穆旦參加的是步行團（美其名曰“湘黔滇旅行團”）。

無論在長沙還是昆明，當時的辦學條件都極其艱苦。晚上，只能在極其微弱的菜油燈下讀書，而一起議論時局國事則成為他們必備的功課。但是因為與聞一多、陳寅恪、朱自清、吳宓、馮至、金岳霖、鄭天挺、馮友蘭、葉公超、燕卜遜等名師大家朝夕相處，穆旦、袁可嘉、鄭敏等后來的“九葉派”詩人，無論是在人格還是在學養(yǎng)上都受益終生。

1942年2月，杜聿明率軍入緬甸作戰(zhàn)，并致函西南聯(lián)大，征求精通英文的教師從軍。3月，穆旦即辭去西南聯(lián)大教職，參加了中國遠征軍。穆旦任隨軍翻譯，遠赴緬甸抗日戰(zhàn)場。

穆旦跟隨杜聿明的中路遠征軍第五軍新編第22師。軍隊入緬作戰(zhàn)半年，當時正值東南亞雨季，致使軍中因疫病流行和饑餓難耐而損傷大半。六七月間，緬甸幾乎整日傾盆大雨，穆旦所在部隊當時正身處原始森林之中。螞蟥、蚊蟲以及千奇百怪的熱帶小蟲數(shù)不勝數(shù)，因此瘧疾、痢疾、回歸熱等傳染病幾乎不可控制，尤其令人恐怖的是吸血螞蟥和螞蟻。杜聿明將軍曾在《中國遠征軍入緬對日作戰(zhàn)述略》一書中，將此慘不忍睹的場景予以記述，“一個發(fā)高燒的人一經(jīng)昏迷不醒，加上螞蟥吸血，螞蟻侵蝕，大雨沖洗，數(shù)小時內(nèi)就變成白骨。官兵死亡累累，前后相繼，沿途尸骨遍野，慘絕人寰。”沿途留下的是觸目驚心的一地白骨，仿佛活脫脫的難以置信的人間地獄。當時穆旦的馬死了，傳令兵也死了。穆旦拖著腫脹的腿在死人堆里艱難行進，有時近乎爬行。除了戰(zhàn)爭以及雨季和疾病的考驗，最讓穆旦等將士們難以忍受的則是饑餓，其中最長的一次有14天沒有補給。穆旦和其他士兵不得不發(fā)了瘋似的在山中和森林里尋找一切可以吃的東西，比如野果、蘑菇、芭蕉、老鼠、蛇、青蛙。穆旦隨軍在森林中步行4個月，九死一生，到達印度。

1943年年初，穆旦從印度輾轉歸國。他將入緬作戰(zhàn)的經(jīng)歷寫進了詩歌《森林之魅——祭胡康河上的白骨》和長詩《隱現(xiàn)》當中。“為什么一切發(fā)光的領我來到絕頂?shù)暮诎?坐在崩潰的峰頂讓我靜靜地哭泣。”

1949年，穆旦赴芝加哥大學攻讀英文系碩士學位，并與早在國內(nèi)相識的周與良在杰克遜維爾完婚，課余時間他不停打工以維持生計。艱苦的求學生活、參加抗日遠征軍的經(jīng)歷，以及對祖國和親人的懷念，使得穆旦一直有強烈的回國沖動，而在回國的問題上，他經(jīng)常與其他留學生甚至與周與良產(chǎn)生分歧。他一直堅持留學生應該最終回到祖國去，所以當時很多同學以及朋友都以為他是共產(chǎn)黨。穆旦沒有親眼目睹和親身體驗新中國成立的氣氛，遠在國外的他，通過各種途徑在思想上不斷充實自己。穆旦苦修俄文就是一個最好的證明。1950年穆旦在芝加哥大學選修俄國文學，并背誦下整部俄語辭典。1953年年初，在他不斷努力與爭取下，歷經(jīng)周折，終于與周與良回到中國。

回國后，穆旦一直從事外文翻譯和教學工作。并最終選擇了和妻子一起到南開大學任教。

然而平穩(wěn)的日子很快就結束了。1954年，穆旦因參加過中國遠征軍被列為審查對象，受到不公正待遇。

在“肅反”運動和文化大革命中，穆旦和妻子都遭到批斗。在如此酷烈的時代語境下，穆旦雖然被迫停止了詩歌創(chuàng)作，但他仍不肯放下手中的筆，一直堅持詩歌創(chuàng)作和文學翻譯。

“文革”開始時，南開大學有100多位教授和干部被打倒，穆旦也因遠征軍問題再次被劃為“歷史反革命”。穆旦家首當其沖，被抄家。據(jù)周與良回憶，抄家的次數(shù)太多，不僅日常用品和衣服、被褥被當作“四舊”拉走，而且很多手稿和書籍幾乎被洗劫一空。讓穆旦稍感安慰和慶幸的是，他苦心孤詣翻譯的《唐璜》手稿沒有被抄走。造反派在房間里四處貼上標語，“砸爛反革命分子查良錚狗頭”。穆旦被派去打掃圖書館、校園道路、廁所和游泳池。每晚回家，看到家中一片狼藉。

1976年“四人幫”倒臺后，穆旦在新購買的《且介亭雜文》的扉頁上興奮地寫下“于‘四人幫’揪出后，文學事業(yè)有望，購《且介亭雜文》三冊為念”。穆旦高興地對妻子周與良說的第一句話就是“希望又能寫詩了”，他“相信手中這支筆，還會重新恢復青春”。然而因為連年政治運動的沖擊，心有余悸的周與良卻反對穆旦寫詩，“咱們過些平安的日子吧，你不要再寫了”。而實際上即使是在“文革”期間，穆旦也并未因政治運動的高壓而擱筆，而是背著家人，偷偷地在紙條、煙盒、信封、日歷上將自己的感受轉換成詩行。在詩壇沉寂近20年后，在生命的最后時日，在“心靈投資的銀行已經(jīng)關閉”的嚴酷歲月，穆旦又重新使詩歌煥發(fā)出光輝。這也為一個詩人一生的寫作畫上了完滿的句號。當然，這些詩句的背后是一個詩人無比深重的苦難，更有一個詩人的良知，而詩則成了苦痛的“至高的見證”。