陽光明媚的一天，菜問背著書包去植物小學上學。
到了學校之后，他目瞪口呆。只見學校的樓房破爛不堪、地面坑坑洼洼、火焰還在燃燒著菜問和伙伴們辛辛苦苦種的花草樹木。菜問心急如焚，急忙搬開石塊，看看有沒有幸存的人，他找到了火炬樹樁和一只從來沒有見過的動物，還有昏迷不醒的豌豆射手、堅果和紅針花，就找不到其他人了。火炬樹樁告訴菜問其他人都被僵尸博士的黑暗機械龍抓走了，那個他從未見過的生物是一條傳說中的小燭龍。
第二天，菜問把他的朋友們叫醒后，便拿起火炬樹樁給的裝備和伙伴們走了，還帶上了小燭龍。他們走到一個山谷里，發現了一群僵尸守衛。正當他們討論如何對付僵尸時，僵尸守衛發現了他們，拿起武器直向菜問等人沖來。菜問等人想都不想就投入了戰斗，堅果從山上滾下來撞倒了許多僵尸，菜問用功夫把幾十個僵尸打得屁滾尿流，豌豆射手用子彈在僵尸群里一個掃射，就射倒了好幾個僵尸，紅針花用針把僵尸們打得嗷嗷直叫。可是，由于僵尸實在太多了，當他們快要撐不住的時候，小燭龍從山上飛了下來，吐出一團烈火，將僵尸們燒得魂飛魄散、落荒而逃。
菜問等人剛來到僵尸博士的城堡門前，忽然，一聲巨響，只見僵尸博士駕駛著黑暗機械龍從城樓上飛了下來，向菜問等人吐了一團邪火。然后張牙舞爪地撲了過來。菜問等人早有準備，以迅雷不及掩耳之勢進入機甲裝備，跟僵尸博士大戰起來，可是，由于菜問他們總是單打獨斗，除了菜問和小燭龍外，一個個都被黑暗機械龍甩進了巖漿里，小燭龍突然進化，將甩進巖漿里的同伴救出來。然后，一起合力將僵尸博士強化后的黑暗機械龍打得稀巴爛。菜問他們大獲全勝，救出了被抓走的其他人。一起返回校園，把校園建得更加堅固美麗。
