朱三太子在清朝初期擁有極為響亮的稱號，當時許多反清勢力都打著朱三太子的旗號行事，給清朝的統治帶來了許多阻礙。一個王朝取代另一個王朝，往往都會將前朝皇室成員屠個干凈，或者是控制起來，讓其再不能成為前朝余孽起兵謀反的借口。

我們看朱三太子這個名號其實是有些奇怪的，因為明朝最后一位皇帝崇禎帝，一生有七個兒子。其中二子和七子早夭，還剩下長子朱慈烺、三子朱慈炯、四子朱慈炤、五子朱慈煥，后來城破之時就只剩下了長子朱慈烺、四子朱慈炤、五子朱慈煥三個皇子，其中長子朱慈烺是明朝的最后一位太子。那么問題來了，既然長子朱慈烺才是正兒八經的太子，那么只稱太子就好，朱慈烺位列長位，為什么太子前面還要加個朱三呢？要解決這樣一個問題，就要從城破之時開始說起。

李自成進攻北京，崇禎帝調令吳三桂前來援京，然而卻遲遲不見軍隊蹤影。一堆皇室貴族，便這樣被李自成圍困在北京。后來守城太監投降，崇禎帝已經沒有的逃脫的希望，于是他將自己的幾個兒子叫來。讓太監給他們換上破爛的衣裳，對太子朱慈烺說：帶弟出城，他日報父母仇。

崇禎帝對年僅十六歲的太子朱慈烺抱有很大的期待，他知道自己已經沒有可能了，因而寄希望于自己的兒子。并且在臨死之前，還囑托各省官員，希望他們能好好的輔助太子，挽回頹勢。可惜的是崇禎的希望也只能成為空望，因為歷史上關于這位太子的記載也就到這兒為止了。此后再不見朱慈烺身影，后來談遷編著明史時，也曾有今太子無蹤，執筆，其何所適從的為難。

太子失蹤，行跡成迷，那些想要起事之人，自然需要再起名號。清朝初期，各種反清勢力數不勝數，其中最出名的便是朱三太子。

不知道什么時候起，崇禎帝的太子朱三流落民間的消息四處流竄，于是各地反清分子紛紛打起了朱三太子的名號，造成了清初轟轟烈烈的朱三太子案。

康熙十二年冬，北京一個叫楊起隆的人，自稱自己是朱三太子，并組織旗下奴仆、佃戶，密謀起事。后來馮生走漏，被清朝強勢鎮壓，楊起隆趁亂逃走。康熙十九年，朝廷在陜西漢中捕獲一位自稱朱三太子慈璊的反清者，迅即起隆，然清廷指其假冒，在京磔死。

三藩之亂爆發，福建蔡寅沉淪起事，并且也稱自己是朱三太子，在當時的環境下很多反清勢力紛紛聚集在他的身邊，擁眾數萬，與臺灣鄭經勾通反清，被清軍擊敗于天寶山。

康熙四十年后，江蘇太倉、浙江大嵐山等處反清力量均稱擁立朱三太子。

康熙四十七年正月，捕獲在浙江大嵐山起兵抗清的張念一。后經其口供，捕獲一名張姓老人。朝廷審問之時，他張供認自己本名是朱慈煥，國亡后便開始四處流離，隱姓埋名，先后改姓王、張，以課讀糊口，時年已75歲。后來清廷指其偽冒明裔，以通賊罪仍將朱氏父子解京處死。此后朱三太子案才算完結。

看這一系列事件，我們其實會發現，朱三太子其實并不是指的某一個具體的人，反而像是一種名號，成為反清勢力都會借用的名號。之所以后來大多數人，都將朱三太子這個稱呼代到朱慈煥的身上，大概是因為朱三太子案是在他這兒完結的。朱慈煥去世之后，后世沒有人再用這個名號，從事反清復明的活動。實際上清廷將其斬殺，仿似斬滅了朱三太子的號召力。所以綜合種種，將朱慈煥作為朱三太子稱呼。