5月，中共中央在武漢成立了中央軍委，周恩來任軍委書記。作為中共中央在白區的組織工作和軍事工作負責人，周恩來清醒地認識到：黨在白區的活動是所謂“非法”的，只能采取更加隱蔽和秘密的方式進行斗爭，黨必須建立情報和安全保衛工作機構。因此，在嚴峻的形勢下，為了保障黨及組織的生存環境，有效地打擊敵人、開展工作、保衛中央機關的安全，周恩來提議，在中央軍委之下設立一個以情報保衛工作為重點的“特務工作處（科）”。

特務工作處成立后，積極開展活動，取得很大成果，周恩來曾如此評價：有了軍委特務工作處這樣的工作組織，我們黨就掌握了敵人的主要動向，事先作了必要的準備，所以在汪精衛公開叛變之前，黨就順利地把部隊撤出來了，避免了損失。這同“四一二”反革命事變時所處的被動局面是完全不同的。9月21日，中央軍委特務工作處撤銷，雖然僅僅存在了幾個月，但是卻為中央特科的成立奠定了基礎。