1960年代初，盡管國府撤退臺灣已越十載，臺灣表面上政治安定、經濟繁榮，實則暗潮洶涌，空前緊張；從事第一線安全工作的國府特務人員，隱隱約約警覺到一股不安氣氛正四處蔓延。

長年避居日本東瀛朝野羽翼下的海外臺獨勢力，不斷通過親朋故舊、鄰里鄉黨等各層關系，或派人秘密潛回臺灣，或對赴日本考察旅行的臺籍人士，展開臺獨宣傳，游說其參加臺獨工作。對國府在臺灣島內的統治機制，顛覆威脅日增。這批蝸居日本的臺獨分子，有的甚至已具備日本公民身份，國府鞭長莫及，始終拿不出有效對付辦法，頂多只能派遣情報人員以“拉出”、“打進”手法，混入臺獨海外組織。若在臺灣島內查緝到臺獨分子，該關的就關，該抓的就抓，以杜絕臺獨歪風吹進臺灣。1960年代，臺灣落實這套剿撫兼施（海外以撫，島內以剿）的方略，與海外臺獨組織形成隔海相持態勢。

海外臺獨組織錯估形勢，除了恣意派人到島內進行政治蠢動，并數度圖謀策動島內臺獨分子，分別以炸彈攻擊（包括郵件炸彈與定時炸彈）、槍炮狙擊，甚至汽車沖撞等方式，企圖對蔣介石、蔣經國父子及國府官員，采取直接的攻擊報復行動。臺獨分子的激進行為，迫使保衛兩蔣父子的安全警衛單位，數度進行改組，強化人員武器裝備及避難應變設施。

1964年4月，國府調查局陸續得到有力情報，謂海外臺獨組織策動林水泉、張明彰、黃華、吳文就、林中禮、許曹德、陳清山、顏尹謨等人，在島內從事臺獨顛覆活動。這一系列臺獨顛覆活動的幕后主謀者，是日本一個名叫“臺灣青年獨立聯盟”的海外臺獨流亡組織。這批島內臺獨分子當中，林水泉于1964年4月間，假借名義赴日本商務考察，實則去東京與“臺灣青年獨立聯盟”組織部長廖春榮晤面，商議臺獨顛覆計劃。

這伙人的詭秘陰謀，很快被國民黨情報單位偵獲。由于國民黨常年嚴格管制爆炸物，臺獨分子陰謀炸毀交通及油電設施，卻遍尋不著強力爆炸裝置和相關零件。臺獨分子林水泉、呂國民，兩人曾聯袂到高雄楠梓，秘密探視一個名叫阿啟的工人。阿啟向林水泉吹大牛，聲稱他可以取得“中國石油公司”在臺灣最大的煉油廠的出入通行證，要炸高雄煉油廠，不費吹灰之力。可是，阿啟說，萬事俱備只欠東風，他找不著高爆炸藥。林水泉等人又從高雄風塵仆仆趕到云林，找一個姓吳的水電工人，因為這個姓吳的服兵役時制作過炸藥。

找著了可以進入高雄煉油廠的阿啟，會研制炸藥以及爆炸裝置的吳姓男子，接下來最關鍵的，就是設計行刺蔣介石的計劃。

林水泉為了避人耳目，邀請了臺北黑美人酒家的酒家女莊某同行，喬裝成一對情侶模樣，由會制作爆炸裝置的吳姓男子陪伴，三人開著一部小汽車，到臺中梨山，住進了蔣介石每年必到的度假勝地梨山賓館。

林水泉借機和賓館服務員攀談，打探蔣介石入住梨山賓館通常住哪間房間，警衛配置情況如何等。由于林水泉跟服務員搭訕時，引起服務員警覺，隨即向賓館管理干部反映。這時，林水泉本人也發覺情況有異，沉寂了好一陣子。

與此同時，流亡日本之臺獨分子史明，指使赴日商務考察之臺灣彰化籍男子顏尹謨，在島內進行爆炸及暗殺行動。顏尹謨返回臺灣之后，即與另一臺獨分子張明彰商議，準備將臺灣主要交通動脈之縱貫鐵路大肚溪鐵橋予以炸毀。這條鐵橋與縱貫公路之大肚溪橋，彼此相距甚近，只要有一座橋被炸毀，旁邊的橋梁也一定會受波及損壞。一旦這兩座大橋被炸斷，臺灣南北交通即陷癱瘓狀態。

史明在會見到日本商務考察的臺獨分子顏尹謨時，交付顏尹謨執行以下之指令：一、回臺灣之后，應該偽造新臺幣，以破壞臺灣金融秩序；二、在琉球架設強力電臺，對臺灣廣播；三、收買國民黨情報人員，并派他們在國民黨內部進行滲透任務；四、收買日本人到臺灣收集情報；五、由香港或日本運送爆炸物，到臺灣島內進行暴力革命。

史明唆使臺獨分子，應俟機暗殺臺籍高官，如徐慶鐘、謝東閔、連震東等人，同時也開列了一份狙擊外省籍官員的名單。

這一次臺獨分子圖謀以暴力手段進行顛覆的計劃，從開始醞釀到被國民黨情報單位偵悉破獲，長達一年四個月左右。

自從海外臺獨組織由“文斗”轉變為“武斗”的武裝暴力組織后，國民黨當局第一次刻意加強蔣介石父子的人身安全保護行動。然而，人算不如天算，島內易守，海外難防。

紐約刺蔣案，讓國民黨當局認識到臺獨組織顯已蛻變為具有暴力特質的恐怖組織。據侍衛人員口述，蔣介石終其一生，至少遭逢10次以上之行刺未遂事件，其能逢兇化吉，固然依靠周密的安全警衛制度，而運氣好也是重要原因。蔣經國除了在美國紐約曾親歷槍擊事件，在其訪問日本過程中，亦有流亡日本之臺獨分子，陰謀狙殺，后因事跡敗露，故未著手進行。