一場(chǎng)大戰(zhàn)毀滅了人類文明。千年之后，幸存的人類生活在艱苦的環(huán)境中。散發(fā)著毒氣、棲息著巨蟲的遼闊菌類森林“腐海”一直威脅著人們。

在腐海邊有個(gè)小國(guó)“風(fēng)之谷”，由于海風(fēng)吹走了瘴氣，這個(gè)國(guó)家寧?kù)o而美麗。族長(zhǎng)的女兒名叫娜烏西卡，擁有不可思議的親近大自然的能力。故事從巨型輸送機(jī)墜落在風(fēng)之谷開始。這架輸送機(jī)是多魯美奇亞原本用來載送工業(yè)都市“培吉特”國(guó)俘虜。娜烏西卡將夾在殘骸中的少女拉絲黛兒救出，而少女卻要求娜烏西卡將殘骸燒毀。雖然不明其意但為了讓少女安心而答應(yīng)了，少女隨即死去。隔天在墜落地點(diǎn)發(fā)現(xiàn)了跳動(dòng)著的巨大血管群。那就是在“七日之火”將世界付之一炬的最終兵器“巨神兵”。應(yīng)該全部成為化石的巨神兵，卻在培吉特市的地下被挖掘出來，而想要征服世界的多魯美奇亞王國(guó)將其截走，但不久因其重量在運(yùn)輸途中墜落了。獲知了墜落的多魯美奇亞王國(guó)的皇女庫(kù)夏娜，派出了大批編隊(duì)至風(fēng)之谷。

士兵們陸續(xù)闖入城中，震天的槍聲，驚慌的娜烏西卡奔至父親房間，發(fā)現(xiàn)其父基爾已氣絕。娜烏西卡在盛怒之下，以敏捷的速度將士兵一一擊倒。這時(shí)，其師父猶巴出現(xiàn)。“冷靜下來！娜烏西卡。現(xiàn)在打起來的話，谷中就無人能活下去。”為了谷中人民，娜烏西卡自愿做人質(zhì)和庫(kù)夏娜等到培吉特。回到自己房間的娜烏西卡，將墻壁隱藏的樓梯門打開，來到自己的秘密房間。很早以前娜烏西卡發(fā)現(xiàn)，這些用從地下500公尺取出的水和干凈無毒的土培養(yǎng)的植物，一株也沒有散發(fā)出有毒的瘴氣，即使是劇毒的腐砒草也開出了花朵。但是，照顧它們的人即將離開，只好將植物處理掉沒有其他辦法。

娜烏西卡等人乘坐的大型輸送艇，載著其他人質(zhì)及糧食向著培吉特出發(fā)。途中向其襲擊而來的是駕駛著戰(zhàn)斗艇的培吉特少年阿斯貝魯。他就是墜落在風(fēng)之谷后死亡的拉絲黛兒的哥哥。被侵襲的多美吉亞王國(guó)的船迅速地墜落。娜烏西卡所乘的輸送艇也早已起火，她和米特移至備用機(jī)上。而且，還救了應(yīng)該憎恨的敵人庫(kù)夏娜離開輸送艇。眼下濃密彌漫，娜烏西卡的戰(zhàn)斗艇慢慢地降落，最后降在被巨木包圍著的水面。回過頭去，庫(kù)夏娜的槍卻朝向娜烏西卡指著。

突然，水面搖晃，巨大的王蟲出現(xiàn)。王蟲的眼和娜烏西卡及庫(kù)夏娜彼此凝視，伸長(zhǎng)觸毛撫摸著娜烏西卡。因?yàn)樗|碰到了王蟲心中最深的宇宙。接著無言地，王蟲將阿斯貝魯迷失在活腐海的消息告知娜烏西卡，于是娜烏西卡告別嚇呆了的庫(kù)夏娜和城中老伯們，準(zhǔn)備去救出阿斯貝魯。被大群王蟲窮追不舍的阿斯貝魯?shù)暨M(jìn)巨水下的空洞里。尾隨而來的蓑鼠也蜂擁而上。在阿斯貝魯將被蟲吞唑之時(shí)，乘著滑翔翼的娜烏西卡如風(fēng)般的出現(xiàn)。躲過蛇螻蛄的娜烏西卡想救阿斯貝魯時(shí)，不小心掉落地面，砂覆蓋娜烏西卡的身體，隨即陷落進(jìn)去。

終于連滑翔翼也一起被砂所吞噬，然而到后來卻有了意外的發(fā)現(xiàn)……開腐海后，娜烏西卡獲悉培吉特以一只小王蟲為做誘導(dǎo)大群王蟲到風(fēng)之谷，于是娜烏西卡徒手與飛行機(jī)的乘組員對(duì)峙。他把槍指著娜烏西卡，開始展開攻擊。娜烏西卡張開雙臂，朝向運(yùn)行機(jī)運(yùn)去。受了沖擊的飛行機(jī)掉進(jìn)酸湖中。被拋至地面上的娜烏西卡忍著身上的疼痛向著滿身瘡痍的小王蟲慢慢接近。然后，挺身阻止欲進(jìn)入酸湖的小王蟲。小王蟲似乎明白了娜烏西卡的心意，小王蟲的眼睛由紅色轉(zhuǎn)為藍(lán)色。小王蟲觸碰著昏倒的娜烏西卡的身體，想要確定什么似的。在這段時(shí)間王蟲群越來越接近風(fēng)之谷。娜烏西卡下了決心。然后和小王蟲一起，大群的王蟲蜂擁過來，站立在她眼前。王蟲群的眼睛閃耀鮮紅的光芒，一步步向前運(yùn)進(jìn)而來。然后，在不過一瞬間娜烏西卡的身體被層層包圍，終于看不見了。

霧慢慢做了，在平靜下來的藍(lán)色眼的王蟲群里，滿身瘡痍的娜烏西卡躺在其中。王蟲群中的一只向娜烏西卡走近。然后，觸毛伸向娜烏西卡的身下將其慢慢抬起。黃金的觸毛散發(fā)出無數(shù)光之粉。四周都閃耀著光芒。光芒愈來愈強(qiáng)，娜烏西卡慢慢張開了眼睛。奇跡出現(xiàn)了，金黃色的草原朝著娜烏西卡走近。不如在何時(shí)，狐松鼠也悄悄回來了。古老的預(yù)言成真——這個(gè)人，應(yīng)該身著藍(lán)衣，站立在金色的草原上……