萬歷三十五年，左光斗高中進士，入仕為中書舍人，后升任御史，巡視京城，揭發了不少貪官污吏。

天啟元年，為領直隸屯田事，奉委通判盧象觀，主持水利。這段時間，都在處理農事。他 不僅帶領北方百姓興修水利，灌溉良田，還推廣了水田稻谷，增加了糧食產量。

泰昌元年，明光宗暴斃，明熹宗繼承皇位。當時受到明光宗寵愛的李選侍，居住在乾清宮，強迫皇長子封她為皇太后。李選侍心機不純，打的是控制皇帝，從而專權天下的主意。

明熹宗剛剛繼位的時候，沒有決斷性，還真就讓李選侍居住在正宮之中。

面對這種情況，左光斗和楊漣兩人連連上疏。指明李選侍既不是嫡母，也不是皇帝生母，對皇帝也沒有撫育之恩，是沒有資格居住在正宮的。如今他居正宮，皇帝卻退居偏殿，哪里有這樣的道理。若是讓李選侍繼續居住在乾清宮中，恐怕會發生武則天當權之事。

李選侍知道是左光斗阻止自己的計劃之后，十分氣憤，命人前往詔見，就像給左光斗一個下馬威。但是左光斗嚴詞拒絕，直接說自己是皇帝的臣子，如果不是天子召見，絕不會前往，這讓李選侍對他越發憎恨。

明熹宗后來還 聽從了左光斗的建議，命李選侍移宮。而左光斗則在明熹宗一朝，與楊漣一起治理朝政，排除宦官干擾，扶持幼主，端正皇位，朝野并稱二人為楊左。天啟元年，左光斗再次晉升并拜官左僉都御史。

移宮案發生之后，東林黨和閹黨之間的關系越發緊張。加之后來左光斗和楊漣等人上書彈劾魏忠賢，則更是將兩黨之間的仇恨加深一步。

魏忠賢是明熹宗時期著名的宦官，專權擅政，對國家朝政有著很大的損害。以左光斗和楊漣為首的東林黨人，一直想要除掉魏忠賢，而魏忠賢，自然也不可能坐以待斃。

后來閹黨先后將東林黨人的趙南星、高攀龍等人驅逐。不久之后，魏忠賢又將目標對準左光斗和楊漣。楊漣和左光斗，原本是想上疏彈劾魏忠賢和魏廣微有三十二條當斬罪。哪知道還沒有上奏，此事就事先被魏忠賢知曉。魏忠賢當機立斷，利用自己手中的權利，將左光斗和楊漣兩人免職。

這還不算，閹黨人后來又制造汪文言案，將左光斗的名字掛上，派差役前往逮治。此事發生后，朝野上下嘩然一片，民間老百姓也紛紛為左光斗叫屈。左光斗下獄之后，受到嚴刑拷問，還想再給人加幾條罪名。

楊漣等人起先不承認，但是又考慮到受刑而亡，冤屈無法得解。便想著先承認，隨后希望在被送往法司之后，得到公正的審判，還自己清白。

左光斗坐罪受賄白銀二萬兩，然而魏忠賢矯旨，左光斗和楊漣根本沒等到被送給法司的一天，就被獄卒給殺害了。當時為天啟五年七月二十六日，死的時候左光斗才五十一歲。仍

左光斗去世之后，魏忠賢又以贓銀尚未交清為由，抄家，逮其親屬十四人左光斗長兄左光霽被株連致死，左母也因此而亡。人死之后，左光斗還差點被魏忠賢開館戮尸，死后不得安寧。

一直等到崇禎帝上位，將魏忠賢為首的閹黨清除之后，左光斗等人的冤情才得以昭雪。后崇禎帝追贈左光斗右都御史，又追太子太保，官其一子，福王時謚忠毅。