雖說水葫蘆本身有很強的凈化污水能力，但大量的水葫蘆覆蓋河面，容易造成水質惡化，影響水底生物的生長。水葫蘆繁殖速度極快，生長時會消耗大量溶解氧，幾乎成了“污染”的代名詞。滇池、太湖、黃浦江及武漢東湖等著名水體，均出現過水葫蘆泛濫成災的情況，耗費巨資也無法根治。水葫蘆給滇池造成損失的案例是入侵物種危害的經典案例之一。20世紀80年代，昆明建成了大觀河—滇池—西山的理想水上旅游路線，游客可以從市內乘船游覽滇池、西山。但90年代初，大觀河和滇池里的水葫蘆瘋長成災，覆蓋了整個河面和部分滇池的水面，致使這條旅游路線被迫取消，在大觀河兩岸興建的配套旅游設施只好廢棄或改做其他用途，大觀河也改建成地下河。這些只是直接的經濟損失，由水葫蘆造成的生態損失卻很難估量。

福建媒體報道了2007年中國的第一次水葫蘆暴發，自閩江上游來襲的水葫蘆覆蓋水口大壩整個庫區，面積近2400畝。隨后，水葫蘆這個名字不斷出現在各地報紙上，成為今年上半年以來曝光率最高的植物：

4月中旬，水葫蘆現身三峽庫區周圍，其中宜昌黃柏河的水葫蘆已經封鎖河道；5月中旬，四川南充市滑灘河水葫蘆堵塞河道3公里；6月初，重慶花溪河水葫蘆封鎖4公里；同期，位于嘉陵江上的華能四川青居水電站遭到大量水葫蘆入侵；7月初，浙江省錢塘江上游暴發水葫蘆，富春江水庫亦未能幸免；同期，上海金山、松江兩地水葫蘆大規模暴發，僅金山區每天打撈至少550噸；8月中旬，安徽省安慶市蓮湖水葫蘆侵占近千畝水面；9月初，湖南撈刀河水葫蘆暴發，厚達3米，打撈者可在其上行走，而之前瀏陽河水葫蘆已經封鎖河面綿延數公里；江山須江也泛濫過水葫蘆……2012年1月31日福建水口鎮灣口村段[2]

2007年9月6日，浙江省錢塘江管理局直管的海塘物業管理公司在錢塘江面發現了水葫蘆，為及時清理水面，該公司已派出6只打撈船，80多名保潔員日夜不停打撈。截至9日，已打撈350噸。據悉，水葫蘆生長速度很快，能在短期內把整個水面遮掩住，消耗大量溶解氧，逼得水生物無法生存，特別是在秋季，它的根葉會迅速腐爛，不僅堵塞水上交通，還會污染水源。

2012年1月31日，福建寧德市古田縣水口鎮灣口村段，浩浩蕩蕩的水葫蘆延綿閩江近10公里，如同草原。遭水葫蘆圍困，魚苗都無法放養。